A la fin de l'époque du Premier Temple, aux VIIIe et VIIe siècles avant l'ère chrétienne, un premier village fut créé sur les lieux. Quelques rares vestiges d'une petite ferme fortifiée ou d'un fortin judaïte ont été retrouvés.

Certains spécialistes ont identifié ce site et affirmé qu'il s'agissait de Secacah, ou la ville du Sel, deux des six villes du territoire désertique de Juda (Josué 15 : 61-62) 

Le village de Qumran fut reconstitué à la fin du IIe siècle avant l'ère chrétienne, probablement pendant le règne du roi asmonéen Jean Hyrcan Ier ; l'ancienne localité fut alors restaurée et agrandie. Au début du Ier siècle avant l'ère chrétienne, durant le règne d'Alexandre Jannée, de nouvelles constructions déterminèrent le plan du site jusqu'à sa destruction. Un aqueduc fut construit à partir d'un escarpement surplombant le Wadi Qumran à plusieurs centaines de mètres à l'est du site. Les eaux des crues d'hiver étaient recueillies en amont d'un barrage situé au pied de l'escarpement puis s'écoulaient dans l'aqueduc jusqu'à Qumran où elles remplissaient les nombreuses citernes et mikvaot (bains rituels). L'approvisionnement en eau revêtait une importance essentielle pour une résidence permanente à Qumran où les températures d'été de cette région désertique sont extrêmement élevées. 

Avec ses nombreuses salles spacieuses destinées sans aucun doute à des fonctions publiques et ses quartiers d'habitation relativement peu nombreux, le plan de Qumran est unique en son genre et ne ressemble en rien aux autres villages de la même époque. L'entrée principale du village se trouvait au nord, au pied d'une tour de guet. Les murs des bâtiments étaient construits en pierres ramassées au pied de l'escarpement et enduits d'une épaisse couche de plâtre blanc-gris. Les fenêtres et les montants des portes étaient en pierres soigneusement taillées et les toits, selon l'usage à l'époque, étaient constitués par des poutres en bois, de la paille et du plâtre.  

Le bâtiment principal de Qumran comprenait plusieurs pièces - certaines, de toute évidence, sur deux étages - s'ordonnant autour d'une cour centrale. Dans l'angle nord-ouest, se dressait une tour aux murs particulièrement épais dominant l'ensemble du village. La tour, qui servait de poste de guet et d'alerte, protégeait le village contre des raids des tribus du désert. Une pièce garnie de bancs le long des murs accueillait les réunions des membres de la communauté qui y étudiaient probablement la Torah (Bible). Au sud et à l'est du bâtiment principal, d'autres ensembles de bâtiments comprenaient de longs vestibules, des chambres et des bains rituels. L'un des grands vestibules servait de salle de réunion et de réfectoire. Dans une pièce servant à entreposer des réserves à proximité d'une cuisine, des piles bien rangées de plusieurs centaines de récipients en poterie et un grand nombre de petits bols ont été retrouvés. Un atelier où étaient fabriquées les poteries pour lacommunauté a été découvert dans la partie sud-est du site avec sa cuve pour la préparation de l'argile, une roue de potier en pierre et deux fours à cuisson ronds.  

L'historien juif Flavius Josèphe (Guerre des juifs II, pp. 120-161) et les écrits des Esséniens eux-mêmes retrouvés près de Qumran donnent une idée de leur doctrine religieuse. Les Esséniens constituaient une secte juive de l'époque du Second Temple : ils croyaient en la prédestination et en l'éternité de l'âme (mais pas à la résurrection des morts) et ils étaient opposés aux sacrifices accomplis dans le Temple de Jérusalem. Les membres de la secte vivaient en communauté du fruit de leur travail, mettant leurs biens en commun. Ils s'adonnaient à l'agriculture mais pas au commerce, étaient hostiles à toute forme d'esclavage et vivaient modestement avec un minimum de confort et des vêtements tout simples. Les Esséniens étaient ennemis du mariage, mais certains avaient des familles, se conformant au commandement divin d'assurer la survie du genre humain. Ils respectaient quotidiennement un certain nombre de rites : prière avant le lever du soleil ; immersion rituelle et repas pris en commun ; travail pendant la journée ; le soir, autre bain rituel suivi d'un repas collectif. Les nouveaux membres n'étaient acceptés qu'après une candidature d'une durée de trois ans, un examen d'entrée et le serment de ne pas révéler aux étrangers les secrets de la communauté et ses écrits. Persuadés qu'il leur incombait de combattre les forces du mal, ils participèrent activement à la révolte contre les Romains. Les spécialistes pensent que leurs croyances et leur mode de vie communautaire influèrent considérablement sur le développement des débuts du christianisme ; certains soutiennent que Jean le Baptiste fut influencé par les Esséniens, ou gardait le contact avec eux, voire était membre de la secte. 

Un grand nombre de mikvaot (bains rituels) ont été retrouvés dans l'ensemble du site. Ils étaient creusés dans les marnes du sol, et leur étanchéitéétait assurée par du plâtre hydraulique gris.  

Le grand escalier conduisant en bas était à certains endroits, divisé au milieu par un muret de 20 cm de hauteur séparant ceux qui descendaient prendre leur bain rituel de ceux qui remontaient après s'être purifiés. Les bains rituels étaient alimentés en eau par l'aqueduc. Les mikvaot de Qumran étaient caractéristiques des édifices publics et privés de Jérusalem et d'ailleurs à l'époque du Second Temple. La Michnah (Traité Mikvaot) souligne l'importance de l'immersion dans l'eau pour la purification spirituelle et énumère les conditions requises pour construire ces bains rituels. Les mikvaot de Qumran respectaient toutes ces conditions. Ce qui est inhabituel à Qumran, c'est le grand nombre de ces installations et la taille de certaines par rapport au village. Ces dernières étaient probablement utilisées par les membres de la secte pour une immersion collective, un élément central de leur rituels quotidiens.  

En 31 avant l'ère chrétienne, un tremblement de terre endommagea gravement les constructions et les mikvaot de Qumran. Les fouilles ont révélé des fissures dans les murs et une épaisse couche de cendres produites par un incendie. Le tremblement de terre est mentionné par Josèphe (Antiquités 15, 121 sq. ; Guerres I, 370 sq.). 

Le village de Qumran fut alors abandonné jusqu'au début du Ier siècle de l'ère chrétienne, lorsque des membres de la communauté revinrent s'y installer. Ils restaurèrent les anciens bâtiments et y vécurent après avoir procédé à des adjonctions et à des modifications. Dans le bâtiment principal se trouvait une longue salle dans laquelle il reste des bancs ou des tables basses en terre recouvertes de plâtre à l'extérieur, ainsi que des petits encriers en argile. Selon l'archéologue, ces découvertes indiquent que cette pièce était un scriptorium où les scribes du village copiaient les écritures saintes et les règles régissant la communauté. 

On estime que seulement quelques dizaines de dirigeants de la communauté vivaient en permanence à Qumran. La plupart des membres de la secte, probablement au nombre de quelques milliers, vivaient dans des villages et des villes. Il est certain qu'une grande communauté essénienne vivait à Jérusalem ; selon Josèphe, le nom de la porte de la muraille sud de Jérusalem, sur le mont Sion, s'appelait la Porte des Esséniens. A certaines époques, les membres de la secte vivaient dans le désert près de Qumran et, pendant les fêtes et les manifestations de la communauté, d'autres membres affluaient et étaient hébergés dans des tentes, des cabanes et des grottes des environs. Durant l'étude et les fouilles effectuées dernièrement dans les grottes sur les versants de marne au nord du site, des poteries ont été retrouvées, indiquant que ces grottes servaient aussi d'habitations. Des cercles de pierres à proximité soulignent d'ailleurs l'emplacement d'un campement. 

Les bâtiments de Qumran étaient obstrués à l'est par un mur en grandes pierres. Au-delà, les terrasses de marne s'étendaient sur plusieurs centaines de mètres avant d'aboutir à une falaise. Sur ce terrain de marne, se trouvait un grand cimetière de plus d'un millier de tombes alignées en rangées d'orientation nord-sud. Quelques-unes ont été exhumées, révélant des tombes extrêmement simples creusées dans la marne et recouvertes d'un tas de pierre. La plupart des personnes enterrées là étaient des hommes, mais à l'extrémité du cimetière, on a également trouvé des tombes de femmes et d'enfants. 

Le village de Qumran, détruit pendant la guerre menée par les juifs contre Rome, en l'an 68, ne fut jamais repeuplé.