Ein Guedi est mentionnée dans de nombreuses sources historiques et les abondants vestiges excavés au cours de fouilles menées depuis les années soixante permettent de retracer sa longue histoire.
De l'époque chalcolithique (IVe millénaire av.), il reste à Ein Guedi un temple qui servait de lieu de culte aux tribus nomades de la région. Le groupe d'édifices, érigés sur un plateau rocheux dominant la source, consistait en plusieurs pièces isolées entourant une vaste cour fermée par une enceinte. L'accès à cette esplanade se faisait par une sorte de vestibule carré garni de bancs. Le long des murs du temple lui-même, rectangulaire (20 x 2,5 m) et situé de l'autre côté de la cour, étaient disposés des bancs de pierre ; l'autel où ont été découverts des ossements d'animaux et de la cendre atteste de sa destination cultuelle.
Seules les ruines du temple ont été mises au jour ; les chercheurs pensent que les prêtres s'enfuirent devant la menace d'une attaque ennemie, emportant avec eux les nombreux objets de culte accumulés au cours de générations d'usage. Dès lors, le temple fut définitivement désaffecté. L'aridité du désert a permis sa conservation jusqu'à nos jours.
Au cours de la période biblique, Ein Guedi et les étendues désertiques qui l'entouraient faisaient partie du territoire de la tribu de Juda. C'est là que David, poursuivi par Saül, vint se réfugier (I Samuel XXIV, 1).
Le premier habitat humain, sur la colline basse, date de la fin de la période monarchique (deuxième moitié du VIIe siècle av.). Les maisons du petit village, qui s'étageaient sur des terrasses à proximité l'une de l'autre, comportaient deux pièces et une cour. Elles contenaient de grandes cuves à eau ou destinées à contenir les baumes fabriqués à partir des plantes aromatiques qui abondaient dans la région. Des empreintes de sceaux royaux et de noms de particuliers, ainsi qu'un trésor de pièces d'argent mis au jour dans les ruines du village, attestent de son importance économique et de la richesse de ses habitants.
Pendant la période perse (Ve-IVe siècle av.) le village s'étendit. On compte au nombre des édifices de cette période, une vaste structure de 550 mètres carrés, qui se dressait vraisemblablement sur deux étages et comportait plusieurs pièces, cours et entrepôts. Sur ce site ont été mis à jour de nombreux objets, notamment des empreintes de sceaux royaux, attestant de l'importance continue de la localité.
Durant les périodes asmonéenne et hérodienne (Ier siècle av. au Ier siècle de l'ère actuelle), la population juive était nombreuse et prospère et Ein Guedi faisait partie du domaine royal. Une citadelle fortifiée fut érigée pour protéger la localité et sa production agricole contre les raids des nomades. A cette époque Ein Guedi se développa en direction du plateau de Tel Goren, avant d'être détruite et abandonnée pendant la première révolte juive contre Rome (66-70 av.).
Au cours de la nouvelle saison de fouilles, à compter de 1996, une trentaine de cellules construites en pierre et agglomérées autour d'une petite source furent mises au jour au nord-ouest de Tel Goren. Selon les archéologues, il pourrait s'agir d'un monastère essénien dont les membres vivaient en communautés isolées non loin de la mer Morte pendant la période romaine.
Ein Guedi fut un avant-poste important pour les rebelles pendant la révolte de Bar-Kochba (132-135 de l'ère actuelle), comme en témoignent les lettres de ce dernier découvertes dans la région de la mer Morte. Plus tard, une garnison romaine stationna sur le site.
Pendant les périodes romaine et byzantine (IIe-VIe siècle), la localité d'Ein Guedi, qui relevait du domaine impérial, atteignit l'apogée de sa prospérité. Selon Eusèbe, évêque de Césarée au IVe siècle, la localité était alors un très grand village juif . Les fouilles ont révélé des vestiges d'habitat, des réseaux d'adduction d'eau et des boutiques longeant les rues. A cette époque, des terrasses de pierre furent aménagées sur les flancs de la colline et un système élaboré d'adduction d'eau, comprenant des bassins de collecte et un réseau de canaux d'irrigation fut mis en place. Autant de mesures prises par le pouvoir et qui permirent l'essor de la culture de plantes tropicales destinées à la fabrication de parfums et d'onguents. Particulièrement célèbre et coûteux était le basalme d'Ein Guedi, parfum produit à partir du fruit d'un baumier qui ne poussait que dans ces lieux. Pour protéger les parcelles cultivées et les routes du commerce, une forteresse et une tour de guet furent érigées.
La synagogue d'Ein Guedi, qui date de la période romaine et byzantine, subit plusieurs transformations au cours des siècles.
De dimensions modestes et de forme trapézoïdale, sa construction fut entamée au début du IIIe siècle. Sa paroi nord, dans la direction de Jérusalem, était percée de deux ouvertures. Le sol, en mosaïque blanche dépouillée, était orné en son centre d'un motif en croix à branches coudées de couleur sombre, motif décoratif que certains considèrent comme un symbole de bon augure. La synagogue fut amplement restaurée au IVe siècle : l'ouverture centrale du nord fut comblée et transformée en niche destinée vraisemblablement à abriter une arche en bois pour la Torah ; le long de la paroi sud, trois rangées successives de bancs furent installées ; l'édifice fut divisé en trois nefs par deux rangées de piliers carrés ; l'entrée se faisait désormais à travers trois ouvertures percées dans la paroi ouest.
Vers le milieu du Ve siècle la synagogue fut de nouveau transformée, encore que sa forme en trapèze fut préservée : 16 mètres à l'ouest et 13,5 mètres à l'est, avec une largeur de 12,5 mètres, elle s'élevait sur deux étages. Une estrade (bima) contenant une niche semi-circulaire fut entourée d'un jubé sur la face nord, en direction de Jérusalem. Les parois intérieures furent recouvertes d'un enduit de plâtre blanc sur lequel figuraient des décorations et un nouveau pavement de mosaïque polychrome fut posé. La salle centrale était décorée d'un pavement parsemé de motifs floraux à quatre pétales ; au centre, un cercle et quatre oiseaux et dans les carrés formés par les angles du pourtour, des couples de paons. Face à la bima, le pavement exhibait trois candélabres (menorot) à sept branches.
Le pavement de la nef ouest qu'on foulait en pénétrant dans la salle de prière, comportait cinq inscriptions, dont l'une en araméen faisait mention de la communauté locale et de donateurs privés dont la contribution avait permis la construction et l'entretien de la synagogue. Une inscription mettait en garde les fidèles dans ces termes :
Gare à ceux qui commettent des péchés et provoquent des dissensions dans la communauté, transmettent aux Gentils des informations pernicieuses, ou révèlent les secrets de la ville.
Celui dont les yeux parcourent la terre entière et voient ce qui est caché fera disparaître cette personne et sa descendance sous le soleil et toute la population dira Amen. Selah.
Deux inscriptions hébraïques font référence à la tradition juive. L'une évoque les noms des treize pères de l'humanité selon I Chroniques I, 1-4 : Adam, Seth, Enos, Kenan, Mehalalel, Yered, Henoch, Mathusalem, Lamec, Noé, Sem, Cham et Japhet.
L'autre énumère les douze signes du zodiaque et les douze mois du calendrier hébraïque, les trois patriarches, Abraham, Isaac et Jacob, ainsi que les noms des trois compagnons de Daniel : Hanania, Mishael et Azaria. La bénédiction Paix sur Israël figure également sur cette plaque.
La synagogue fut totalement incendiée, probablement sous le règne de l'empereur Justinien (deuxième moitié du VIe siècle), période de persécutions contre les juifs de l'empire. Parmi les vestiges exhumés dans les gravats, un magnifique chandelier à sept branches en bronze.
La synagogue a été récemment restaurée. La grande bâche qui la recouvre permet aux visiteurs de contempler la magnifique synagogue érigée par l'ancienne communauté juive d'Ein Guedi.
Les fouilles de Tel-Goren (1961-1965) ont été dirigées par B. Mazar pour le compte de l'Université hébraïque et de la Société d'exploration d'Israël ; la synagogue a été mise au jour en 1970-1972 sous la direction de D. Barag et de Y. Porath, pour le compte de l'Université hébraïque de Jérusalem, de la Société d'exploration d'Israël et du Département israélien des antiquités (Direction des antiquités d'Israël à présent) ; la nouvelle saison de fouilles à Ein Guedi a été dirigée par Y. Hirschfeld pour le compte de l'Université hébraïque de Jérusalem et de la Société d'exploration d'Israël.
